Theo phần trả lời vướng mắc của DN tài liệu của Hội nghị đối thoại về hải quan. Phần câu hỏi số 6 của Công ty TNHH Ford VN và phần trả lời.
Nay Công ty chúng tôi xin nêu thêm ý kiến như sau:
Theo hướng dẫn của Bộ Tài chính tại TT số 21/2010/TT-BTC về vận đơn chở suốt phải phát hành từ nước thành viên xuất khẩu khi được yêu cầu. Như vậy, vận đơn chở suốt chỉ áp dụng cho những lô hàng nào có chuyển phương tiện vận tải, chuyển cảng qua nước thứ ba không phải thành viên Hiệp định thương mại.
Còn đối với lô hàng vận tải trực tiếp từ nước thành viên xuất khẩu thì mặc nhiên thỏa về quy tắc xuất xứ, dù vận đơn phát hành từ nước thứ ba.

Công ty Sơn Jotun đã và đang nhập một nguyên liệu có tên là Novares TL 10 Xylol với thuế xuất nhập khẩu 0%. Ngày 26/10/2010 Công ty Jotun có  mở tờ khai số 4845/NK/DT-KT/N43D để nhập khẩu nguyên liệu nói trên.
Chi cục Hải quan KCN Sóng Thần (Bình Dương) có yêu cầu lấy mẫu giám định và đến ngày 14/1/2011 TT PTPL có văn bản số 110/PTPLHCM -NV thông báo nguyên liệu Novares TL 10 Xylol có hàm lượng dung môi lớn hơn 50% do đó mã số thuế mới là 3208.90.90.90 tương ứng với thuế xuất NK là 24%. Nhưng thực tế đến ngày 1/4/2011 chúng tôi mới nhận được kết quả của TTPTPL, do đó, yêu cầu kiểm tra lại kết quả phân tích đã không được xem xét. Mặc dù chúng tôi có đưa ra các chứng từ là TDS của nhà sản xuất và kết quả phân tích của Quatest3 (TP. HCM) là hàm lượng dung môi thấp hơn 50%. Với tinh thần tôn trọng pháp luật, chúng tôi đã nộp thuế NK cho lô hàng nhập khẩu ngày 26/10/2010, nhưng chúng tôi đề nghị không truy thu thuế NK cho nguyên liệu này trong 5 năm vừa qua. Hiện nay, tình hình kinh doanh rất khó khăn, do đó nếu bị truy thu thuế (theo ước tính riêng là khoảng 4 tỷ VND) thì Công ty sẽ càng gặp khó khăn hơn.
Như đã nói ở trên, các chứng cứ kỹ thuật đều chứng minh hàm lựng dung môi trong Novares TL 10 Xylol thấp hơn 50% và chúng tôi nhận được kết quả từ TTPTPL quá trễ, do đó kính mong Bộ Tài chính và Tổng cục Hải quan xem xét và có câu trả lời cho trường hợp nêu trên?

Vướng mắc khi thanh khoản (hoàn thuế NK) TT 194/2010/TT-BTC ngày 6/12/2010 quy định trong vòng 45 ngày kể từ ngày mở tờ khai XK, DN phải nộp bộ hồ sơ thanh khoản thuế NK. Nhưng trên thực tế DN nhập khẩu ở nhiều cửa khẩu khác nhau nhưng tờ khai XK chỉ có một bản chính, như vậy thời hạn quy định 45 ngày DN không kịp nộp hồ sơ thanh khoảng tại nhiều cửa khẩu khác nhau

Kiến nghị: Không quy định thời hạn nộp hồ sơ thanh khoản trong thời gian ân hạn 275 ngày, chỉ quy định sau thời gian ân hạn.

Đối với quy định phạt hành chính về trường hợp nộp chậm hồ sơ, cơ quan HQ tính trên số lượng tờ khai, mỗi tờ khai phạt chậm nộp 5.000.000đ như vậy một bộ hồ sơ có 50 tờ khai nhập khẩu sẽ bị phạt 250 triệu. Như vậy, mức phạt ấy gây khó khăn cho DN và ảnh hưởng đến hiệu quả kinh tế. Không đúng với tính chất của phạt hành chính.