Mông Cổ nằm ở khu vực Trung Á, phía bắc giáp Nga, phía nam giáp Trung Quốc. Chiều dài biên giới của Mông Cổ khoảng 8200 km và dân số là 2,6 triệu người. Đất nước này có mật độ phân bổ dân cư thưa nhất thế giới với 1,8 người/km2. Thế mạnh kinh tế của Mông Cổ là khai thác và xuất khẩu khoáng sản như đồng, than, thiếc, vàng bên cạnh ngành nông nghiệp chăn nuôi chiếm khoảng 30% GDP.
Quan hệ kinh tế với các nước đối tác láng giềng có ảnh hưởng lớn tới sự phát triển của đất nước như việc nhập khẩu dầu mỏ và điện từ Nga. Năm 1997, Mông Cổ gia nhập Tổ chức Thương mai Thế giới (WTO) nhằm mong muốn mở rộng quan hệ kinh tế và thương mại.
Vai trò của Hải quan Mông Cổ ngày càng trở nên quan trọng trong tiến trình hội nhập của đất nước. Hiện nay, Hải quan Mông Cổ chịu trách nhiệm quản lý hệ thống pháp luật hải quan, kiểm tra hàng hoá xuất nhập khẩu, thu thuế hải quan, thuế GTGT, thu thập số liệu thống kê và chống lại các hành vi vi phạm pháp luật hải quan.
Về mặt tổ chức, có 8 Cục Hải quan vùng, 10 đơn vị quản lý chuyên ngành và 14 Chi cục Hải quan trên toàn quốc. Tổng số nhân viên Hải quan Mông Cổ là 1100 người kể cả lực lượng huấn luyện, sử dụng chó nghiệp vụ, phân tích- phân loại hải quan. Mục tiêu chính của Hải quan Mông Cổ trong giai đoạn hiện nay là tăng cường năng lực, nâng cao kỹ năng làm việc của nhân viên, sử dụng hiệu quả các thiết bị hỗ trợ trong quản lý hải quan. Đồng thời, việc kiểm tra hải quan cũng dựa trên quản lý rủi ro với chiến lược đánh giá tuân thủ và kiểm tra dựa trên kiểm toán để tránh phải kiểm tra 100% thực tế hàng hoá cũng như sự chậm trễ trong thông quan tại biên giới. Những quy định này phù hợp với Công ước Kyoto sửa đổi và đã được luật hoá trong Luật Hải quan và Luật Thuế hải quan Mông Cổ có hiệu lực từ tháng 7/2008.
Từ tháng 8/2007, Hải quan Mông Cổ bắt đầu áp dụng hệ thống camera kiểm soát như là một bước của chương trình ứng dụng công nghệ thông tin kiểm soát biên giới. Tại tất cả các đơn vị hải quan đều được trang bị hệ thống camera giám sát và các cảng chính đã được kết nối với cơ quan hải quan trung ương. Từ đó, việc đánh giá rủi ro và hướng dẫn kiểm tra được thực hiện thống nhất bởi cơ quan chỉ huy đầu não của Hải quan Mông Cổ.
Mới đây, Hải quan Mông Cổ đã ký kết với hãng tin học KTNET (Hàn Quốc) một thoả thuận về nâng cấp công nghệ thông tin và hiện đại hoá hải quan. Dự án Hiện đại hoá hải quan của Mông Cổ được tài trợ bởi Ngân hàng Phát triển Châu Á (ADB) và chính phủ Hàn Quốc. Mục đích chính của dự án là xây dựng hệ thống thông tin chia sẻ và hợp tác với cộng đồng doanh nghiệp thông qua thiết lập một hệ thống hải quan điện tử. Các kết quả chính của dự án sẽ là một hệ thống hải quan điện tử và sử dụng hiệu quả các dữ liệu thông quan hải quan nhằm tăng cường tính cạnh tranh của Mông Cổ trong quá trình toàn cầu hoá. Theo đánh giá của Tổng cục trưởng Hải quan Mông Cổ thì hiện đại hoá hải quan sẽ thúc đẩy dịch vụ thông quan thân thiện với người sử dụng, với việc sử dụng những chuẩn mực và hình thức đã dạng như trao đổi dữ liệu điện tử, hệ thống giá trị gia tăng hay XML. Quá trình này cũng giúp chia sẻ thông tin giữa các cơ quan quản lý và các đối tác thương mại góp phần nâng cao hiệu quả quản lý hải quan và phát triển thương mại.
Trong quan hệ hợp tác quốc tế, Hải quan Mông Cổ cũng chú ý tới mở rộng hợp tác với Hải quan khu vực và quốc tế. Riêng đối với Hải quan Việt Nam, hai bên đã trao đổi các đoàn lãnh đạo cao cấp nhất mà điển hình là chuyến thăm Mông Cổ của Tổng cục trưởng Hải quan Việt Nam từ 1/8 đến 4/8/2009 mở ra một giai đoạn hợp tác mới giữa hai bên. Hải quan Mông Cổ cũng là thành viên đầu tiên của Tổ chức Hải quan Thế giới (WCO) đi đầu trong việc ký kết thoả thuận hợp tác ba bên về hợp tác kỹ thuật về Tăng cường năng lực với Hải quan Hà Lan và WCO vào tháng 12/2008.