Ngày 1 tháng 7 năm 1993, Hải quan Việt Nam trở thành thành viên chính thức của Hội đồng Hợp tác Hải quan (CCC), nay là Tổ chức Hải quan Thế giới (WCO). Sau khi trở thành thành viên của WCO, Hải quan Việt Nam đã tham gia Công ước KYOTO về Đơn giản hoá và Hài hoà hoá Thủ tục Hải quan (Năm 1997), Công ước Hài hoà Mô tả và Mã hoá Hàng hoá (Công ước HS) (Năm 1998). Từ năm 2000 đến nay, Hải quan Việt Nam đã và đang tiến hành các bước chuẩn bị cần thiết để tham gia Công ước KYOTO Sửa đổi.

       Trong khuôn khổ Diễn đàn Hợp tác Kinh tế Châu Á - Thái Bình Dương APEC, Hải quan Việt Nam hợp tác chặt chẽ với các Cơ quan hữu quan xây dựng chương trình Hành động Quốc gia, xúc tiến xây dựng các nội dung trong Chương trình Hành động Tập thể, thực hiện đầy đủ các nội dung cam kết tại tiểu ban Thủ tục Hải quan SCCP APEC.

      Hải quan Việt nam tham gia tích cực các hoạt động hợp tác giữa các nước ASEAN, xây dựng Chương trình Cắt giảm Thuế quan có hiệu lực chung CEPT, Khu vực Mậu dịch Tự do ASEAN (AFTA), đàm phán xây dựng danh mục biểu thuế Hài hoà ASEAN, phối hợp thực hiện Chương trình Hành động Hà Nội về các vấn đề có liên quan đến Hải quan.

      Tháng 3 năm 1996, Hải quan Việt Nam tham gia diễn đàn hợp tác Á Âu (ASEM) với tư cách là thành viên sáng lập. Nhiệm vụ của Hải quan Việt Nam trong Diễn đàn Hợp tác Á Âu ASEM  là (i) xây dựng kế hoạch và biện pháp khắc phục các rào cản thương mại và (ii) phối hợp hành động tạo điều kiện thuận lợi cho đầu tư.

       Bắt đầu từ năm 1998, Hải quan Việt Nam đã phối hợp chặt chẽ với các Bộ, ngành có liên quan lập kế hoạch triển khai Công ước Hài hoà mô tả và mã hoá Hàng hoá (HS), và hoàn chỉnh các văn bản pháp lý trình Chính phủ ban hành Nghị định về phân loại hàng hoá xuất nhập khẩu, tham gia đàm phán xây dựng danh mục Biểu thuế Hài hoà ASEAN áp dụng từ tháng 7 năm 2003.

      Ngày 29 tháng 12 năm 2003, Hải quan Việt Nam bắt đầu thực hiện việc xác định trị giá Hải quan theo Hiệp định Trị giá GATT của Tổ chức Thương mại Thế giới (WTO). Cho đến nay, Hải quan Việt Nam đã triển khai áp dụng phương pháp xác định trị giá hải quan theo GATT đối với hàng hoá đến từ 51 Quốc gia trên toàn cầu.

     Đặc biệt, năm 1995 và năm 2004 Hải quan Việt Nam đã đăng cai tổ chức thành công Hội nghị Tổng cục trưởng Hải quan các nước ASEAN.

     Để tiếp tục đẩy nhanh tiến trình hội nhập kinh tế thương mại, Hải quan Việt Nam đang tích cực phối hợp thực hiện Hiệp định về Quyền Sở hữu Trí tuệ TRIPS.

     Trong quá trình hội nhập một cách toàn diện vào nền kinh tế khu vực và Thế giới, Hải quan Việt Nam có nghĩa vụ phải thực hiện đầy đủ các cam kết trong khuôn khổ khu vực tự do thương mại ASEAN (AFTA), tiến tới bãi bỏ hoàn toàn hàng rào thuế quan trong ASEAN, diễn đàn kinh tế Châu Á Thái Bình Dương APEC, cũng như trong ASEM.